Chú thích Vi_khuẩn_cổ

  1. ↑ Pace NR (tháng 5 năm 2006). “Time for a change”. Nature 441 (7091): 289. PMID 16710401. doi:10.1038/441289a.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp)
  2. ↑ Staley JT (2006). “The bacterial species dilemma and the genomic-phylogenetic species concept”. Philos. Trans. R. Soc. Lond., B, Biol. Sci. 361 (1475): 1899–909. PMC 1857736. PMID 17062409. doi:10.1098/rstb.2006.1914. 
  3. ↑ Zuckerkandl E, Pauling L (1965). “Molecules as documents of evolutionary history”. J. Theor. Biol. 8 (2): 357–66. PMID 5876245. doi:10.1016/0022-5193(65)90083-4. 
  4. ↑ Woese C, Fox G (1977). “Phylogenetic structure of the prokaryotic domain: the primary kingdoms”. Proc Natl Acad Sci USA 74 (11): 5088–90. PMC 432104. PMID 270744. doi:10.1073/pnas.74.11.5088. 
  5. ↑ Woese CR, Kandler O, Wheelis ML (1990). “Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya”. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 87 (12): 4576–9. PMC 54159. PMID 2112744. doi:10.1073/pnas.87.12.4576. 
  6. ↑ archaea. (2008). Trong Merriam-Webster Online Dictionary. Truy cập ngày 25 tháng 8 năm 2010. http://www.merriam-webster.com/dictionary/archaea
  7. 1 2 3 DeLong EF (1998). “Everything in moderation: archaea as 'non-extremophiles'”. Curr. Opin. Genet. Dev. 8 (6): 649–54. PMID 9914204. doi:10.1016/S0959-437X(98)80032-4. 
  8. ↑ Theron J, Cloete TE (2000). “Molecular techniques for determining microbial diversity and community structure in natural environments”. Crit. Rev. Microbiol. 26 (1): 37–57. PMID 10782339. doi:10.1080/10408410091154174. 
  9. ↑ Schmidt TM (2006). “The maturing of microbial ecology” (PDF). Int. Microbiol. 9 (3): 217–23. PMID 17061212. 
  10. ↑ Gevers D, Dawyndt P, Vandamme P và đồng nghiệp (2006). “Stepping stones towards a new prokaryotic taxonomy”. Philos. Trans. R. Soc. Lond., B, Biol. Sci. 361 (1475): 1911–6. PMC 1764938. PMID 17062410. doi:10.1098/rstb.2006.1915.  Bảo trì CS1: Định rõ "và đồng nghiệp" (link)
  11. 1 2 Robertson CE, Harris JK, Spear JR, Pace NR (2005). “Phylogenetic diversity and ecology of environmental Archaea”. Curr. Opin. Microbiol. 8 (6): 638–42. PMID 16236543. doi:10.1016/j.mib.2005.10.003. 
  12. ↑ Huber H, Hohn MJ, Rachel R, Fuchs T, Wimmer VC, Stetter KO. (2002). “A new phylum of Archaea represented by a nanosized hyperthermophilic symbiont”. Nature 417 (6884): 27–8. PMID 11986665. doi:10.1038/417063a. 
  13. ↑ Barns SM, Delwiche CF, Palmer JD, Pace NR (1996). “Perspectives on archaeal diversity, thermophily and monophyly from environmental rRNA sequences” (PDF). Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 93 (17): 9188–93. PMC 38617. PMID 8799176. doi:10.1073/pnas.93.17.9188. 
  14. ↑ Elkins JG, Podar M, Graham DE và đồng nghiệp (tháng 6 năm 2008). “A korarchaeal genome reveals insights into the evolution of the Archaea”. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 105 (23): 8102–7. PMC 2430366. PMID 18535141. doi:10.1073/pnas.0801980105.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp) Bảo trì CS1: Định rõ "và đồng nghiệp" (link)
  15. ↑ Baker, B.J., Tyson, G.W., Webb, R.I., Flanagan, J., Hugenholtz, P. and Banfield, J.F. (2006). “Lineages of acidophilic Archaea revealed by community genomic analysis. Science”. Science 314 (6884): 1933–1935. PMID 17185602. doi:10.1126/science.1132690. 
  16. ↑ Baker BJ, Comolli LR, Dick GJ và đồng nghiệp (tháng 5 năm 2010). “Enigmatic, ultrasmall, uncultivated Archaea”. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 107 (19): 8806–11. PMC 2889320. PMID 20421484. doi:10.1073/pnas.0914470107.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp) Bảo trì CS1: Định rõ "và đồng nghiệp" (link)
  17. ↑ de Queiroz K (2005). “Ernst Mayr and the modern concept of species”. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 102 Suppl 1: 6600–7. PMC 1131873. PMID 15851674. doi:10.1073/pnas.0502030102. 
  18. ↑ Eppley JM, Tyson GW, Getz WM, Banfield JF (2007). “Genetic exchange across a species boundary trong archaeal genus ferroplasma”. Genetics 177 (1): 407–16. PMC 2013692. PMID 17603112. doi:10.1534/genetics.107.072892. 
  19. ↑ Papke RT, Zhaxybayeva O, Feil EJ, Sommerfeld K, Muise D, Doolittle WF (2007). “Searching for species in haloarchaea”. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 104 (35): 14092–7. PMC 1955782. PMID 17715057. doi:10.1073/pnas.0706358104. 
  20. ↑ Kunin V, Goldovsky L, Darzentas N, Ouzounis CA (2005). “The net of life: reconstructing the microbial phylogenetic network” (PDF). Genome Res. 15 (7): 954–9. PMC 1172039. PMID 15965028. doi:10.1101/gr.3666505. 
  21. ↑ Hugenholtz P (2002). “Exploring prokaryotic diversity trong genomic era” (PDF). Genome Biol. 3 (2): REVIEWS0003. PMC 139013. PMID 11864374. doi:10.1186/gb-2002-3-2-reviews0003. 
  22. ↑ Rappé MS, Giovannoni SJ (2003). “The uncultured microbial majority”. Annu. Rev. Microbiol. 57: 369–94. PMID 14527284. doi:10.1146/annurev.micro.57.030502.090759. 
  23. ↑ Schopf J (2006). “Fossil evidence of Archaean life” (PDF). Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci 361 (1470): 869–85. PMC 1578735. PMID 16754604. doi:10.1098/rstb.2006.1834. 
  24. ↑ Chappe B, Albrecht P, Michaelis W (tháng 7 năm 1982). “Polar Lipids of Archaebacteria in Sediments and Petroleums”. Science 217 (4554): 65–66. PMID 17739984. doi:10.1126/science.217.4554.65.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp)
  25. ↑ Brocks JJ, Logan GA, Buick R, Summons RE (1999). “Archean molecular fossils and the early rise of eukaryotes”. Science 285 (5430): 1033–6. PMID 10446042. doi:10.1126/science.285.5430.1033. 
  26. ↑ Rasmussen B, Fletcher IR, Brocks JJ, Kilburn MR (tháng 10 năm 2008). “Reassessing the first appearance of eukaryotes and cyanobacteria”. Nature 455 (7216): 1101–4. PMID 18948954. doi:10.1038/nature07381.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp)
  27. ↑ Hahn, Jürgen; Pat Haug (1986). “Traces of Archaebacteria in ancient sediments”. System Applied Microbiology 7 (Archaebacteria '85 Proceedings): 178–83.  Chú thích sử dụng tham số |coauthors= bị phản đối (trợ giúp)
  28. ↑ Wang M, Yafremava LS, Caetano-Anollés D, Mittenthal JE, Caetano-Anollés G (2007). “Reductive evolution of architectural repertoires in proteomes and the birth of the tripartite world”. Genome Res. 17 (11): 1572–85. PMC 2045140. PMID 17908824. doi:10.1101/gr.6454307. 
  29. ↑ Woese CR, Gupta R (1981). “Are archaebacteria merely derived 'prokaryotes'?”. Nature 289 (5793): 95–6. PMID 6161309. doi:10.1038/289095a0. 
  30. ↑ Woese C (1998). “The universal ancestor”. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 95 (12): 6854–9. PMC 22660. PMID 9618502. doi:10.1073/pnas.95.12.6854. 
  31. ↑ Gupta RS (2000). “The natural evolutionary relationships among prokaryotes”. Crit. Rev. Microbiol. 26 (2): 111–31. PMID 10890353. doi:10.1080/10408410091154219. 
  32. ↑ Gribaldo S, Brochier-Armanet C (2006). “The origin and evolution of Archaea: a state of the art”. Philos. Trans. R. Soc. Lond., B, Biol. Sci. 361 (1470): 1007–22. PMC 1578729. PMID 16754611. doi:10.1098/rstb.2006.1841. 
  33. 1 2 Woese CR (ngày 1 tháng 3 năm 1994). “There must be a prokaryote somewhere: microbiology's search for itself”. Microbiol. Rev. 58 (1): 1–9. PMC 372949. PMID 8177167.  Pdf
  34. ↑ Lake JA (tháng 1 năm 1988). “Origin of the eukaryotic nucleus determined by rate-invariant analysis of rRNA sequences”. Nature 331 (6152): 184–6. PMID 3340165. doi:10.1038/331184a0.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp)
  35. ↑ Nelson KE, Clayton RA, Gill SR và đồng nghiệp (1999). “Evidence for lateral gene transfer between Archaea and bacteria from genome sequence of Thermotoga maritima”. Nature 399 (6734): 323–9. PMID 10360571. doi:10.1038/20601.  Bảo trì CS1: Định rõ "và đồng nghiệp" (link)
  36. ↑ Gouy M, Li WH (tháng 5 năm 1989). “Phylogenetic analysis based on rRNA sequences supports the archaebacterial rather than the eocyte tree”. Nature 339 (6220): 145–7. PMID 2497353. doi:10.1038/339145a0.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp)
  37. ↑ Yutin N, Makarova KS, Mekhedov SL, Wolf YI, Koonin EV (tháng 5 năm 2008). “The deep archaeal roots of eukaryotes”. Mol. Biol. Evol. 25 (8): 1619. PMC 2464739. PMID 18463089. doi:10.1093/molbev/msn108.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp)
  38. ↑ Lake JA. (1988). “Origin of the eukaryotic nucleus determined by rate-invariant analysis of rRNA sequences”. Nature 331 (6152): 184–6. PMID 3340165. doi:10.1038/331184a0. 
  39. 1 2 3 4 Krieg, Noel (2005). Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology. USA: Springer. tr. 21–6. ISBN 978-0-387-24143-2. 
  40. ↑ Barns, Sue và Burggraf, Siegfried. (1997) Crenarchaeota. Truy cập ngày 26 tháng 8 năm 2010. Trong The Tree of Life Web Project
  41. ↑ Walsby, A.E. (1980). “A square bacterium”. Nature 283 (5742): 69–71. doi:10.1038/283069a0. 
  42. ↑ Hara F, Yamashiro K, Nemoto N và đồng nghiệp (2007). “An actin homolog of the archaeon Thermoplasma acidophilum that retains the ancient characteristics of eukaryotic actin”. J. Bacteriol. 189 (5): 2039–45. PMC 1855749. PMID 17189356. doi:10.1128/JB.01454-06.  Bảo trì CS1: Định rõ "và đồng nghiệp" (link) Pdf
  43. ↑ Trent JD, Kagawa HK, Yaoi T, Olle E, Zaluzec NJ (1997). “Chaperonin filaments: the archaeal cytoskeleton?”. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 94 (10): 5383–8. PMC 24687. PMID 9144246. doi:10.1073/pnas.94.10.5383. 
  44. ↑ Hixon WG, Searcy DG (1993). “Cytoskeleton trong archaebacterium Thermoplasma acidophilum? Viscosity increase in soluble extracts”. BioSystems 29 (2–3): 151–60. PMID 8374067. doi:10.1016/0303-2647(93)90091-P. 
  45. 1 2 Golyshina OV, Pivovarova TA, Karavaiko GI và đồng nghiệp (ngày 1 tháng 5 năm 2000). “Ferroplasma acidiphilum gen. nov., sp. nov., an acidophilic, autotrophic, ferrous-iron-oxidizing, cell-wall-lacking, mesophilic member of the Ferroplasmaceae fam. nov., comprising a distinct lineage of the Archaea”. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 50 Pt 3 (3): 997–1006. PMID 10843038. doi:10.1099/00207713-50-3-997.  Bảo trì CS1: Định rõ "và đồng nghiệp" (link) Pdf
  46. ↑ Hall-Stoodley L, Costerton JW, Stoodley P (2004). “Bacterial biofilms: from the natural environment to infectious diseases”. Nat. Rev. Microbiol. 2 (2): 95–108. PMID 15040259. doi:10.1038/nrmicro821. 
  47. ↑ Kuwabara T, Minaba M, Iwayama Y và đồng nghiệp (tháng 11 năm 2005). “Thermococcus coalescens sp. nov., a cell-fusing hyperthermophilic archaeon from Suiyo Seamount”. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 55 (Pt 6): 2507–14. PMID 16280518. doi:10.1099/ijs.0.63432-0.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp) Bảo trì CS1: Định rõ "và đồng nghiệp" (link)
  48. ↑ Nickell S, Hegerl R, Baumeister W, Rachel R (2003). “Pyrodictium cannulae enter the periplasmic space but do not enter the cytoplasm, as revealed by cryo-electron tomography”. J. Struct. Biol. 141 (1): 34–42. PMID 12576018. doi:10.1016/S1047-8477(02)00581-6. 
  49. ↑ Horn C, Paulmann B, Kerlen G, Junker N, Huber H (ngày 15 tháng 8 năm 1999). “In vivo observation of cell division of anaerobic hyperthermophiles by using a high-intensity dark-field microscope”. J. Bacteriol. 181 (16): 5114–8. PMC 94007. PMID 10438790.  Pdf
  50. ↑ Rudolph C, Wanner G, Huber R (tháng 5 năm 2001). “Natural communities of novel archaea and bacteria growing in cold sulfurous springs with a string-of-pearls-like morphology”. Appl. Environ. Microbiol. 67 (5): 2336–44. PMC 92875. PMID 11319120. doi:10.1128/AEM.67.5.2336-2344.2001.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp)
  51. 1 2 Thomas NA, Bardy SL, Jarrell KF (2001). “The archaeal flagellum: a different kind of prokaryotic motility structure”. FEMS Microbiol. Rev. 25 (2): 147–74. PMID 11250034. doi:10.1111/j.1574-6976.2001.tb00575.x. 
  52. ↑ Rachel R, Wyschkony I, Riehl S, Huber H (tháng 3 năm 2002). “The ultrastructure of Ignicoccus: evidence for a novel outer membrane and for intracellular vesicle budding in an archaeon”. Archaea 1 (1): 9–18. PMC 2685547. PMID 15803654. doi:10.1155/2002/307480.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp)
  53. 1 2 Koga Y, Morii H (2007). “Biosynthesis of ether-type polar lipids in archaea and evolutionary considerations”. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 71 (1): 97–120. PMC 1847378. PMID 17347520. 
  54. ↑ De Rosa M, Gambacorta A, Gliozzi A (1986). “Structure, biosynthesis, and physicochemical properties of archaebacterial lipids” (PDF). Microbiol. Rev. 50 (1): 70–80. PMC 373054. PMID 3083222. 
  55. ↑ Albers SV, van de Vossenberg JL, Driessen AJ, Konings WN (tháng 9 năm 2000). “Adaptations of the archaeal cell membrane to heat stress”. Front. Biosci. 5: D813–20. PMID 10966867. doi:10.2741/albers.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp)
  56. ↑ Damsté JS, Schouten S, Hopmans EC, van Duin AC, Geenevasen JA (tháng 10 năm 2002). “Crenarchaeol: the characteristic core glycerol dibiphytanyl glycerol tetraether membrane lipid of cosmopolitan pelagic crenarchaeota”. J. Lipid Res. 43 (10): 1641–51. PMID 12364548. doi:10.1194/jlr.M200148-JLR200.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp)
  57. ↑ Koga Y, Morii H (tháng 11 năm 2005). “Recent advances in structural research on ether lipids from archaea including comparative and physiological aspects”. Biosci. Biotechnol. Biochem. 69 (11): 2019–34. PMID 16306681. doi:10.1271/bbb.69.2019.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp)
  58. ↑ Hanford MJ, Peeples TL (tháng 1 năm 2002). “Archaeal tetraether lipids: unique structures and applications”. Appl. Biochem. Biotechnol. 97 (1): 45–62. PMID 11900115. doi:10.1385/ABAB:97:1:45.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp)
  59. ↑ Macalady JL, Vestling MM, Baumler D, Boekelheide N, Kaspar CW, Banfield JF (tháng 10 năm 2004). “Tetraether-linked membrane monolayers in Ferroplasma spp: a key to survival in acid”. Extremophiles 8 (5): 411–9. PMID 15258835. doi:10.1007/s00792-004-0404-5.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp)
  60. ↑ Sára M, Sleytr UB (2000). “S-Layer proteins”. Journal of Bacteriol. 182 (4): 859–68. PMC 94357. PMID 10648507. doi:10.1128/JB.182.4.859-868.2000. 
  61. ↑ Engelhardt H, Peters J (1998). “Structural research on surface layers: a focus on stability, surface layer homology domains, and surface layer-cell wall interactions”. J Struct Biol 124 (2–3): 276–302. PMID 10049812. doi:10.1006/jsbi.1998.4070. 
  62. 1 2 Kandler, O; König, H (1998). “Cell wall polymers in Archaea (Archaebacteria)” (PDF). Cellular and Molecular Life Sciences (CMLS) 54 (4): 305–308. doi:10.1007/s000180050156. 
  63. ↑ Howland, John L. (2000). The Surprising Archaea: Discovering Another Domain of Life. Oxford: Oxford University Press. tr. 32. ISBN 0-19-511183-4. 
  64. ↑ Gophna U, Ron EZ, Graur D (tháng 7 năm 2003). “Bacterial type III secretion systems are ancient and evolved by multiple horizontal-transfer events” (PDF). Gene 312: 151–63. PMID 12909351. doi:10.1016/S0378-1119(03)00612-7.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp)
  65. ↑ Nguyen L, Paulsen IT, Tchieu J, Hueck CJ, Saier MH (tháng 4 năm 2000). “Phylogenetic analyses of the constituents of Type III protein secretion systems”. J. Mol. Microbiol. Biotechnol. 2 (2): 125–44. PMID 10939240.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp)
  66. ↑ Ng SY, Chaban B, Jarrell KF (2006). “Archaeal flagella, bacterial flagella and type IV pili: a comparison of genes and posttranslational modifications”. J. Mol. Microbiol. Biotechnol. 11 (3–5): 167–91. PMID 16983194. doi:10.1159/000094053. 
  67. ↑ Bardy SL, Ng SY, Jarrell KF (tháng 2 năm 2003). “Prokaryotic motility structures”. Microbiology (Reading, Engl.) 149 (Pt 2): 295–304. PMID 12624192. doi:10.1099/mic.0.25948-0.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp)
  68. 1 2 3 Valentine DL (2007). “Adaptations to energy stress dictate the ecology and evolution of the Archaea”. Nat. Rev. Microbiol. 5 (4): 316–23. PMID 17334387. doi:10.1038/nrmicro1619. 
  69. 1 2 3 Schäfer G, Engelhard M, Müller V (ngày 1 tháng 9 năm 1999). “Bioenergetics of the Archaea”. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 63 (3): 570–620. PMC 103747. PMID 10477309. 
  70. ↑ Zillig W (tháng 12 năm 1991). “Comparative biochemistry of Archaea and Bacteria”. Curr. Opin. Genet. Dev. 1 (4): 544–51. PMID 1822288. doi:10.1016/S0959-437X(05)80206-0.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp)
  71. ↑ Romano A, Conway T (1996). “Evolution of carbohydrate metabolic pathways”. Res Microbiol 147 (6–7): 448–55. PMID 9084754. doi:10.1016/0923-2508(96)83998-2. 
  72. ↑ Koch A (1998). “How did bacteria come to be?”. Adv Microb Physiol 40: 353–99. PMID 9889982. doi:10.1016/S0065-2911(08)60135-6. 
  73. ↑ DiMarco AA, Bobik TA, Wolfe RS (1990). “Unusual coenzymes of methanogenesis”. Annu. Rev. Biochem. 59: 355–94. PMID 2115763. doi:10.1146/annurev.bi.59.070190.002035. 
  74. ↑ Klocke M, Nettmann E, Bergmann I và đồng nghiệp (tháng 5 năm 2008). “Characterization of the methanogenic Archaea within two-phase biogas reactor systems operated with plant biomass”. Syst. Appl. Microbiol. 31 (3): 190. PMID 18501543. doi:10.1016/j.syapm.2008.02.003.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp) Bảo trì CS1: Định rõ "và đồng nghiệp" (link)
  75. ↑ Dựa theo PDB 1FBB. Dữ liệu xuất bản trong Subramaniam S, Henderson R (tháng 8 năm 2000). “Molecular mechanism of vectorial proton translocation by bacteriorhodopsin”. Nature 406 (6796): 653–7. PMID 10949309. doi:10.1038/35020614.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp)
  76. ↑ Mueller-Cajar O, Badger MR (tháng 8 năm 2007). “New roads lead to Rubisco in archaebacteria”. Bioessays 29 (8): 722–4. PMID 17621634. doi:10.1002/bies.20616.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp)
  77. ↑ Berg IA, Kockelkorn D, Buckel W, Fuchs G (tháng 12 năm 2007). “A 3-hydroxypropionate/4-hydroxybutyrate autotrophic carbon dioxide assimilation pathway in Archaea”. Science (journal) 318 (5857): 1782–6. PMID 18079405. doi:10.1126/science.1149976.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp)
  78. ↑ Thauer RK (tháng 12 năm 2007). “Microbiology. A fifth pathway of carbon fixation”. Science (journal) 318 (5857): 1732–3. PMID 18079388. doi:10.1126/science.1152209.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp)
  79. ↑ Bryant DA, Frigaard NU (tháng 11 năm 2006). “Prokaryotic photosynthesis and phototrophy illuminated”. Trends Microbiol. 14 (11): 488–96. PMID 16997562. doi:10.1016/j.tim.2006.09.001.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp)
  80. ↑ Könneke M, Bernhard AE, de la Torre JR, Walker CB, Waterbury JB, Stahl DA (tháng 9 năm 2005). “Isolation of an autotrophic ammonia-oxidizing marine archaeon”. Nature 437 (7058): 543–6. PMID 16177789. doi:10.1038/nature03911.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp)
  81. ↑ Francis CA, Beman JM, Kuypers MM (tháng 5 năm 2007). “New processes and players trong nitrogen cycle: the microbial ecology of anaerobic and archaeal ammonia oxidation”. ISME J 1 (1): 19–27. PMID 18043610. doi:10.1038/ismej.2007.8.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp)
  82. ↑ Lanyi JK (2004). “Bacteriorhodopsin”. Annu. Rev. Physiol. 66: 665–88. PMID 14977418. doi:10.1146/annurev.physiol.66.032102.150049. 
  83. 1 2 Allers T, Mevarech M (2005). “Archaeal genetics - the third way”. Nat. Rev. Genet. 6 (1): 58–73. PMID 15630422. doi:10.1038/nrg1504. 
  84. ↑ Galagan JE, Nusbaum C, Roy A và đồng nghiệp (tháng 4 năm 2002). “The genome of M. acetivorans reveals extensive metabolic and physiological diversity”. Genome Res. 12 (4): 532–42. PMC 187521. PMID 11932238. doi:10.1101/gr.223902.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp) Bảo trì CS1: Định rõ "và đồng nghiệp" (link)
  85. ↑ Waters E và đồng nghiệp (2003). “The genome of Nanoarchaeum equitans: insights into early archaeal evolution and derived parasitism”. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 100 (22): 12984–8. PMC 240731. PMID 14566062. doi:10.1073/pnas.1735403100.  Bảo trì CS1: Định rõ "và đồng nghiệp" (link)
  86. ↑ Schleper C, Holz I, Janekovic D, Murphy J, Zillig W (ngày 1 tháng 8 năm 1995). “A multicopy plasmid of the extremely thermophilic archaeon Sulfolobus effects its transfer to recipients by mating”. J. Bacteriol. 177 (15): 4417–26. PMC 177192. PMID 7635827.  Pdf
  87. ↑ Sota M; Top EM (2008). “Horizontal Gene Transfer Mediated by Plasmids”. Plasmids: Current Research and Future Trends. Caister Academic Press. ISBN 978-1-904455-35-6. 
  88. ↑ Xiang X, Chen L, Huang X, Luo Y, She Q, Huang L (2005). “Sulfolobus tengchongensis spindle-shaped virus STSV1: virus-host interactions and genomic features”. J. Virol. 79 (14): 8677–86. PMC 1168784. PMID 15994761. doi:10.1128/JVI.79.14.8677-8686.2005. 
  89. ↑ Prangishvili D, Forterre P, Garrett RA (2006). “Viruses of the Archaea: a unifying view”. Nat. Rev. Microbiol. 4 (11): 837–48. PMID 17041631. doi:10.1038/nrmicro1527. 
  90. ↑ Prangishvili D, Garrett RA (2004). “Exceptionally diverse morphotypes and genomes of crenarchaeal hyperthermophilic viruses”. Biochem. Soc. Trans. 32 (Pt 2): 204–8. PMID 15046572. doi:10.1042/BST0320204. 
  91. ↑ Pietilä MK, Roine E, Paulin L, Kalkkinen N, Bamford DH (tháng 3 năm 2009). “An ssDNA virus infecting archaea; A new lineage of viruses with a membrane envelope”. Mol. Microbiol. 72 (2): 307–19. PMID 19298373. doi:10.1111/j.1365-2958.2009.06642.x.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp)
  92. ↑ Mojica FJ, Díez-Villaseñor C, García-Martínez J, Soria E (2005). “Intervening sequences of regularly spaced prokaryotic repeats derive from foreign genetic elements”. J. Mol. Evol. 60 (2): 174–82. PMID 15791728. doi:10.1007/s00239-004-0046-3. 
  93. ↑ Makarova KS, Grishin NV, Shabalina SA, Wolf YI, Koonin EV (2006). “A putative RNA-interference-based immune system in prokaryotes: computational analysis of the predicted enzymatic machinery, functional analogies with eukaryotic RNAi, and hypothetical mechanisms of action”. Biol. Direct 1: 7. PMC 1462988. PMID 16545108. doi:10.1186/1745-6150-1-7. 
  94. ↑ Graham DE, Overbeek R, Olsen GJ, Woese CR (2000). “An archaeal genomic signature”. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 97 (7): 3304–8. PMC 16234. PMID 10716711. 
  95. 1 2 Gaasterland T (1999). “Archaeal genomics”. Curr. Opin. Microbiol. 2 (5): 542–7. PMID 10508726. doi:10.1016/S1369-5274(99)00014-4. 
  96. ↑ Werner F (tháng 9 năm 2007). “Structure and function of archaeal RNA polymerases”. Mol. Microbiol. 65 (6): 1395–404. PMID 17697097. doi:10.1111/j.1365-2958.2007.05876.x.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp)
  97. ↑ Aravind L, Koonin EV (1999). “DNA-binding proteins and evolution of transcription regulation trong archaea”. Nucleic Acids Res. 27 (23): 4658–70. PMC 148756. PMID 10556324. doi:10.1093/nar/27.23.4658. 
  98. ↑ Lykke-Andersen J, Aagaard C, Semionenkov M, Garrett RA (tháng 9 năm 1997). “Archaeal introns: splicing, intercellular mobility and evolution”. Trends Biochem. Sci. 22 (9): 326–31. PMID 9301331. doi:10.1016/S0968-0004(97)01113-4.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp)
  99. ↑ Watanabe Y, Yokobori S, Inaba T và đồng nghiệp (tháng 1 năm 2002). “Introns in protein-coding genes in Archaea”. FEBS Lett. 510 (1-2): 27–30. PMID 11755525. doi:10.1016/S0014-5793(01)03219-7.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp) Bảo trì CS1: Định rõ "và đồng nghiệp" (link)
  100. ↑ Yoshinari S, Itoh T, Hallam SJ và đồng nghiệp (tháng 8 năm 2006). “Archaeal pre-mRNA splicing: a connection to hetero-oligomeric splicing endonuclease”. Biochem. Biophys. Res. Commun. 346 (3): 1024–32. PMID 16781672. doi:10.1016/j.bbrc.2006.06.011.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp) Bảo trì CS1: Định rõ "và đồng nghiệp" (link)
  101. 1 2 Bernander R (1998). “Archaea and the cell cycle”. Mol. Microbiol. 29 (4): 955–61. PMID 9767564. doi:10.1046/j.1365-2958.1998.00956.x. 
  102. ↑ Kelman LM, Kelman Z (2004). “Multiple origins of replication in archaea”. Trends Microbiol. 12 (9): 399–401. PMID 15337158. doi:10.1016/j.tim.2004.07.001. 
  103. ↑ Onyenwoke RU, Brill JA, Farahi K, Wiegel J (2004). “Sporulation genes in members of the low G+C Gram-type-positive phylogenetic branch (Firmicutes)”. Arch. Microbiol. 182 (2–3): 182–92. PMID 15340788. doi:10.1007/s00203-004-0696-y. 
  104. ↑ Kostrikina NA, Zvyagintseva IS, Duda VI. (1991). “Cytological peculiarities of some extremely halophilic soil archaeobacteria”. Arch. Microbiol. 156 (5): 344–49. doi:10.1007/BF00248708. 
  105. ↑ DeLong EF, Pace NR (2001). “Environmental diversity of bacteria and archaea”. Syst. Biol. 50 (4): 470–8. PMID 12116647. doi:10.1080/106351501750435040. 
  106. 1 2 Pikuta EV, Hoover RB, Tang J (2007). “Microbial extremophiles at the limits of life”. Crit. Rev. Microbiol. 33 (3): 183–209. PMID 17653987. doi:10.1080/10408410701451948. 
  107. ↑ Madigan MT, Martino JM (2006). Brock Biology of Microorganisms (ấn bản 11). Pearson. tr. 136. ISBN 0-13-196893-9. 
  108. ↑ Takai K, Nakamura K, Toki T, Tsunogai U, Miyazaki M, Miyazaki J, Hirayama H, Nakagawa S, Nunoura T, Horikoshi K (2008). “Cell proliferation at 122 °C and isotopically heavy CH4 production by a hyperthermophilic methanogen under high-pressure cultivation”. Proc Natl Acad Sci USA 105 (31): 10949–54. PMC 2490668. PMID 18664583. doi:10.1073/pnas.0712334105. 
  109. ↑ Ciaramella M, Napoli A, Rossi M (tháng 2 năm 2005). “Another extreme genome: how to live at pH 0”. Trends Microbiol. 13 (2): 49–51. PMID 15680761. doi:10.1016/j.tim.2004.12.001.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp)
  110. ↑ Javaux EJ (2006). “Extreme life on Earth—past, present and possibly beyond”. Res. Microbiol. 157 (1): 37–48. PMID 16376523. doi:10.1016/j.resmic.2005.07.008. 
  111. ↑ Nealson KH (tháng 1 năm 1999). “Post-Viking microbiology: new approaches, new data, new insights”. Orig Life Evol Biosph 29 (1): 73–93. PMID 11536899. doi:10.1023/A:1006515817767.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp) Pdf
  112. ↑ Davies PC (1996). “The transfer of viable microorganisms between planets”. Ciba Found. Symp. 202: 304–14; discussion 314–7. PMID 9243022. 
  113. ↑ López-García P, López-López A, Moreira D, Rodríguez-Valera F (tháng 7 năm 2001). “Diversity of free-living prokaryotes from a deep-sea site at the Antarctic Polar Front”. FEMS Microbiol. Ecol. 36 (2–3): 193–202. PMID 11451524.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp)
  114. ↑ Karner MB, DeLong EF, Karl DM (2001). “Archaeal dominance trong mesopelagic zone of the Pacific Ocean”. Nature 409 (6819): 507–10. PMID 11206545. doi:10.1038/35054051. 
  115. ↑ Giovannoni SJ, Stingl U. (2005). “Molecular diversity and ecology of microbial plankton”. Nature 427 (7057): 343–8. PMID 16163344. doi:10.1038/nature04158. 
  116. ↑ DeLong EF, Karl DM (tháng 9 năm 2005). “Genomic perspectives in microbial oceanography”. Nature 437 (7057): 336–42. PMID 16163343. doi:10.1038/nature04157.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp)
  117. ↑ Konneke M, Bernhard AE, de la Torre JR, Walker CB, Waterbury JB, Stahl DA. (2005). “Isolation of an autotrophic ammonia-oxidizing marine archaeon”. Nature 437 (7057): 543–6. PMID 16177789. doi:10.1038/nature03911. 
  118. ↑ Agogué, H; Brink, M; Dinasquet, J; Herndl, GJ (2008). “Major gradients in putatively nitrifying and non-nitrifying Archaea trong deep North Atlantic”. Nature 456 (7223): 788–791. PMID 19037244. doi:10.1038/nature07535. 
  119. ↑ Teske A, Sørensen KB (tháng 1 năm 2008). “Uncultured archaea in deep marine subsurface sediments: have we caught them all?”. ISME J 2 (1): 3–18. PMID 18180743. doi:10.1038/ismej.2007.90.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp)
  120. ↑ Lipp JS, Morono Y, Inagaki F, Hinrichs KU (tháng 7 năm 2008). “Significant contribution of Archaea to extant biomass in marine subsurface sediments”. Nature 454 (7207): 991. PMID 18641632. doi:10.1038/nature07174.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp)
  121. ↑ Cabello P, Roldán MD, Moreno-Vivián C (tháng 11 năm 2004). “Nitrate reduction and the nitrogen cycle in archaea”. Microbiology (Reading, Engl.) 150 (Pt 11): 3527–46. PMID 15528644. doi:10.1099/mic.0.27303-0.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp)
  122. ↑ Mehta MP, Baross JA (tháng 12 năm 2006). “Nitrogen fixation at 92 degrees C by a hydrothermal vent archaeon”. Science (journal) 314 (5806): 1783–6. PMID 17170307. doi:10.1126/science.1134772.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp)
  123. ↑ Francis CA, Beman JM, Kuypers MM (tháng 5 năm 2007). “New processes and players trong nitrogen cycle: the microbial ecology of anaerobic and archaeal ammonia oxidation”. ISME J 1 (1): 19–27. PMID 18043610. doi:10.1038/ismej.2007.8.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp)
  124. ↑ Coolen MJ, Abbas B, van Bleijswijk J và đồng nghiệp (tháng 4 năm 2007). “Putative ammonia-oxidizing Crenarchaeota in suboxic waters of the Black Sea: a basin-wide ecological study using 16S ribosomal and functional genes and membrane lipids”. Environ. Microbiol. 9 (4): 1001–16. PMID 17359272. doi:10.1111/j.1462-2920.2006.01227.x.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp) Bảo trì CS1: Định rõ "và đồng nghiệp" (link)
  125. ↑ Leininger S, Urich T, Schloter M và đồng nghiệp (tháng 8 năm 2006). “Archaea predominate among ammonia-oxidizing prokaryotes in soils”. Nature 442 (7104): 806–9. PMID 16915287. doi:10.1038/nature04983.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp) Bảo trì CS1: Định rõ "và đồng nghiệp" (link)
  126. ↑ Baker, B. J; Banfield, J. F (2003). “Microbial communities in acid mine drainage”. FEMS Microbiology Ecology 44 (2): 139–152. PMID 19719632. doi:10.1016/S0168-6496(03)00028-X. 
  127. ↑ Schimel J (tháng 8 năm 2004). “Playing scales trong methane cycle: from microbial ecology to the globe”. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 101 (34): 12400–1. PMC 515073. PMID 15314221. doi:10.1073/pnas.0405075101.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp)
  128. ↑ “EDGAR 3.2 Fast Track 2000”. Truy cập ngày 27 tháng 8 năm 2010. 
  129. ↑ “Annual Greenhouse Gas Index (AGGI) Indicates Sharp Rise in Carbon Dioxide and Methane in 2007”. Ngày 23 tháng 4 năm 2008. Truy cập ngày 27 tháng 8 năm 2010. 
  130. ↑ “Trace Gases: Current Observations, Trends, and Budgets”. Climate Change 2001. United Nations Environment Programme. 
  131. ↑ Eckburg P, Lepp P, Relman D (2003). “Archaea and their potential role in human disease”. Infect Immun 71 (2): 591–6. PMC 145348. PMID 12540534. doi:10.1128/IAI.71.2.591-596.2003. 
  132. ↑ Cavicchioli R, Curmi P, Saunders N, Thomas T (2003). “Pathogenic archaea: do they exist?”. Bioessays 25 (11): 1119–28. PMID 14579252. doi:10.1002/bies.10354. 
  133. ↑ Lepp P, Brinig M, Ouverney C, Palm K, Armitage G, Relman D (2004). “Methanogenic Archaea and human periodontal disease”. Proc Natl Acad Sci USA 101 (16): 6176–81. PMC 395942. PMID 15067114. doi:10.1073/pnas.0308766101. 
  134. ↑ Vianna ME, Conrads G, Gomes BP, Horz HP (tháng 4 năm 2006). “Identification and quantification of archaea involved in primary endodontic infections”. J. Clin. Microbiol. 44 (4): 1274–82. PMC 1448633. PMID 16597851. doi:10.1128/JCM.44.4.1274-1282.2006.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp)
  135. ↑ Waters E, Hohn MJ, Ahel I và đồng nghiệp (tháng 10 năm 2003). “The genome of Nanoarchaeum equitans: insights into early archaeal evolution and derived parasitism”. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 100 (22): 12984–8. PMC 240731. PMID 14566062. doi:10.1073/pnas.1735403100.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp) Bảo trì CS1: Định rõ "và đồng nghiệp" (link)
  136. ↑ Jahn U, Gallenberger M, Paper W và đồng nghiệp (tháng 3 năm 2008). “Nanoarchaeum equitans and Ignicoccus hospitalis: new insights into a unique, intimate association of two archaea” (PDF). J. Bacteriol. 190 (5): 1743–50. PMC 2258681. PMID 18165302. doi:10.1128/JB.01731-07.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp) Bảo trì CS1: Định rõ "và đồng nghiệp" (link)
  137. ↑ Chaban B, Ng SY, Jarrell KF (tháng 2 năm 2006). “Archaeal habitats—from the extreme to the ordinary”. Can. J. Microbiol. 52 (2): 73–116. PMID 16541146. doi:10.1139/w05-147.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp)
  138. ↑ Schink B (tháng 6 năm 1997). “Energetics of syntrophic cooperation in methanogenic degradation”. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 61 (2): 262–80. PMC 232610. PMID 9184013.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp)
  139. ↑ Lange, M; Westermann, P; Ahring, BK (2005). “Archaea in protozoa and metazoa”. Applied Microbiology and Biotechnology 66 (5): 465–474. PMID 15630514. doi:10.1007/s00253-004-1790-4. 
  140. ↑ van Hoek AH, van Alen TA, Sprakel VS và đồng nghiệp (ngày 1 tháng 2 năm 2000). “Multiple acquisition of methanogenic archaeal symbionts by anaerobic ciliates”. Mol. Biol. Evol. 17 (2): 251–8. PMID 10677847.  Bảo trì CS1: Định rõ "và đồng nghiệp" (link)
  141. ↑ Preston, C.M; Wu, K.Y; Molinski, T.F; Delong, E.F (1996). “A psychrophilic crenarchaeon inhabits a marine sponge: Cenarchaeum symbiosum gen. nov., sp. nov”. Proc Natl Acad Sci USA 93 (13): 6241–6. PMC 39006. PMID 8692799. doi:10.1073/pnas.93.13.6241. 
  142. ↑ Eckburg PB, Bik EM, Bernstein CN và đồng nghiệp (tháng 6 năm 2005). “Diversity of the human intestinal microbial flora”. Science 308 (5728): 1635–8. PMC 1395357. PMID 15831718. doi:10.1126/science.1110591.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp) Bảo trì CS1: Định rõ "và đồng nghiệp" (link)
  143. ↑ Samuel BS, Gordon JI (tháng 6 năm 2006). “A humanized gnotobiotic mouse model of host-archaeal-bacterial mutualism”. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 103 (26): 10011–6. PMC 1479766. PMID 16782812. doi:10.1073/pnas.0602187103.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp)
  144. ↑ Wegley, L; Yu; Breitbart; Casas; Kline; Rohwer (2004). “Coral-associated Archaea” (PDF). Marine Ecology Progress Series 273: 89–96. doi:10.3354/meps273089. 
  145. ↑ Chelius MK, Triplett EW (tháng 4 năm 2001). “The Diversity of Archaea and Bacteria in Association with the Roots of Zea mays L”. Microb. Ecol. 41 (3): 252–63. PMID 11391463. doi:10.1007/s002480000087.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp)
  146. ↑ Simon HM, Dodsworth JA, Goodman RM (tháng 10 năm 2000). “Crenarchaeota colonize terrestrial plant roots”. Environ. Microbiol. 2 (5): 495–505. PMID 11233158. doi:10.1046/j.1462-2920.2000.00131.x.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp)
  147. ↑ Breithaupt H (2001). “The hunt for living gold. The search for organisms in extreme environments yields useful enzymes for industry”. EMBO Rep. 2 (11): 968–71. PMC 1084137. PMID 11713183. doi:10.1093/embo-reports/kve238. 
  148. 1 2 Egorova K, Antranikian G (2005). “Industrial relevance of thermophilic Archaea”. Curr. Opin. Microbiol. 8 (6): 649–55. PMID 16257257. doi:10.1016/j.mib.2005.10.015. 
  149. ↑ Synowiecki J, Grzybowska B, Zdziebło A (2006). “Sources, properties and suitability of new thermostable enzymes in food processing”. Crit Rev Food Sci Nutr 46 (3): 197–205. PMID 16527752. doi:10.1080/10408690590957296. 
  150. ↑ Jenney FE, Adams MW (tháng 1 năm 2008). “The impact of extremophiles on structural genomics (and vice versa)”. Extremophiles 12 (1): 39–50. PMID 17563834. doi:10.1007/s00792-007-0087-9.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp)
  151. ↑ Schiraldi C, Giuliano M, De Rosa M (2002). “Perspectives on biotechnological applications of archaea”. Archaea 1 (2): 75–86. PMC 2685559. PMID 15803645. doi:10.1155/2002/436561. 
  152. ↑ Norris PR, Burton NP, Foulis NA (2000). “Acidophiles in bioreactor mineral processing”. Extremophiles 4 (2): 71–6. PMID 10805560. doi:10.1007/s007920050139. 
  153. ↑ O'Connor EM, Shand RF (tháng 1 năm 2002). “Halocins and sulfolobicins: the emerging story of archaeal protein and peptide antibiotics”. J. Ind. Microbiol. Biotechnol. 28 (1): 23–31. PMID 11938468. doi:10.1038/sj/jim/7000190.  Chú thích sử dụng tham số |month= bị phản đối (trợ giúp)
  154. ↑ Shand RF; Leyva KJ (2008). Blum P (ed.), biên tập. “Archaea: New Models for Prokaryotic Biology”. Caister Academic Press. ISBN 978-1-904455-27-1.  |chương= bị bỏ qua (trợ giúp)

Tài liệu tham khảo

WikiPedia: Vi_khuẩn_cổ http://www.biomedcentral.com/content/pdf/gb-2002-3... http://www.britannica.com/EBchecked/topic/32547 http://docs.google.com/a/tmg.com.vn/viewer?a=v&q=c... http://www.horizonpress.com/pla http://www.int-res.com/articles/meps2004/273/m273p... http://www.merriam-webster.com/dictionary/archaea http://link.springer.com/article/10.1007/s00018005... http://link.springer.com/article/10.1023%2FA:10065... http://link.springer.com/article/10.1023%2FA:10065... http://tellapallet.com/tree_of_life.htm